Trong thời gian tồn tại ngắn ngủi của nó, Mãn Châu Quốc được chia thành 5 (vào năm 1932) và 19 (vào năm 1941) tỉnh, một Khu đặc biệt Bắc Mẫn (tiếng Nhật: 北満特別区) và hai Thành phố đặc biệt là Tân Kinh (tiếng Nhật: 新京特別市) và Cáp Nhĩ Tân (tiếng Nhật: 哈爾浜特別市). Mỗi tỉnh được chia thành bốn (Tỉnh Hưng An) và 24 (Phụng Thiên) địa khu. Bắc Mẫn tồn tại chưa đầy 3 năm (1 tháng 7 năm 1933 - 1 tháng 1 năm 1936) và Cáp Nhĩ Tân sau đó nhập vào tỉnh Tân Giang. Long Giang cũng là một tỉnh trước năm 1932, sau đó chia thành Hắc Hà, Long Giang và Tam Giang vào năm 1934. Tỉnh An Đông và Cẩm Châu được tách ra từ Phụng Thiên trong khi Tân Giang và Giang Đảo được tách ra từ Cát Lâm trong cùng năm đó.